ONU-Habitat se estructura en tres cuerpos principales: 

• El Concejo de Gobierno, cuya función es establecer las principales direcciones estratégicas y de política para ONU-Habitat y aprobar sus programas. Está compuesto por 58 estados miembros que son elegidos por el Concejo Económicoy Social de la Asamblea General de la ONU (ECOSOC). El Concejo de Gobiernose reúne cada dos años.
• La Secretaría de ONU-Habitat, cuya tarea es garantizar la ejecución de las decisiones del Concejode Gobierno y su inclusión en las estrategias específicas, programas e iniciativas. La Secretaría es el órgano ejecutivo de la organización.Con sede en Nairobi, Kenia, actúa como centro de coordinación de todas las cuestiones de asentamientos urbanos y humanos dentro del sistema de la ONU.
• El Comité de Representantes Permanentes, que asegura que las decisiones del Concejode Administración sean ejecutadas por la Secretaría en el marco. Tiene un papel de supervisión y representa al Concejo de Administración en la Secretaría para abordar las cuestiones que surjan entre las reuniones bienales del Concejo de Gobierno. Está integrado por embajadores o enviados extranjeros de los Estados Miembros acreditados ante ONU-Habitat.