ينقسم الموئل إلى ثلاثة أجهزة رئيسية:

• مجلس الإدارة ويتمثل دوره الرئيسي في وضع الإتجاهات الإستراتيجية والسياسية الرئيسية للموئل والموافقة على برامجه وميزانيته. يتكون من 58 دولة عضو ينتخبهم المجلس الإقتصادي والإجتماعي للأمم المتحدة. يجتمع مجلس الإدارة مرة كل سنتين.
• الأمانة العامة للموئل ومهمتها التأكد من تنفيذ قرارات مجلس الإدارة وترجمتها إلى استراتيجيات وبرامج ومبادرات محددة. تعتبر الأمانة العامة هي الجهاز التنفيذي للهيئة. يقع مقرها الرئيسي في نيروبي، كينيا، وتعمل كنقطة الإلتقاء لكافة الشئون الحضرية والمتعلقة بالمستوطنات البشرية ضمن منظومة الأمم المتحدة.
• لجنة الممثلين الدائمين والتي تتأكد من تطبيق الأمانة العامة لقرارات مجلس الإدارة ضمن الإطار الموضوع. تتولى اللجنة دورًا اشرافيًا وتمثل مجلس الإدارة لدى الأمانة العامة من أجل معالجة الأمور الناشئة ما بين اجتماعات مجلس الإدارة المنعقدة كل سنتين. تتكون اللجنة من سفراء أو مبعوثين أجانب للدول الأعضاء المعتمدة لدى الموئل.