ONU-Habitat est composé de trois organes principaux: 

• Le Conseil d'Administration (CA - en anglais, Governing Council ou GC), dont le rôle est de définir les orientations stratégiques et politiques majeures d'ONU-Habitat. Il approuve les programmes et le budget de l’organisation. Le CA est composé de 58 États membres élus par le Conseil Économique et Social de l'Assemblée Générale des Nations Unies. Le CA se réunit tous les deux ans.
• Le Secrétariat d'ONU-Habitat, dont la tâche est de veiller à l'exécution des décisions du Conseil d'Administration et de les traduire en stratégies, programmes et initiatives spécifiques. Le Secrétariat est l'organe exécutif de l'organisation. Basé à Nairobi, au Kenya, il dirige et coordonne le travail du système des Nations Unies en matière d’urbanisation.
• Le Comité des Représentants Permanents (CRP), dont la fonction est de veiller à ce que les décisions du Conseil d'Administration (CA) soient mises en œuvre par le Secrétariat dans les conditions établies. Le CRP a un rôle de supervision et représente le CA auprès du Secrétariat pour y traiter des questions soulevées entre les réunions biennales du CA. Le CRP est généralement composé d’ambassadeurs ou de représentants des États membres accrédités auprès d'ONU-Habitat.