يحصل الموئل على الدعم المالي بشكل أساسي من خلال المساهمات التطوعية من الحكومات والجهات المانحة الحكومية الدولية. يقوم شركاء آخرين مثل السلطات المحلية، والقطاع الخاص وهيئات الأمم المتحدة الأخرى والمنظمات متعددة الجوانب بتوفير التمويل لبرامج محددة. ومع الموارد الأساسية المحدودة للغاية التي يحصل عليها الموئل من الأمم المتحدة فإنه يعتمد بشكل كبير على مساهمات الجهات المانحة.

تتمثل مصادر تمويل الموئل الأساسية في:

• المخصصات المعتادة بالميزانية، والمعتمدة من الدول الأعضاء بالجمعية العامة للأمم المتحدة. تأتي هذه الأموال من الميزانية الرئيسية للأمم المتحدة.

• إسهامات لأغراض عامة وهي مساهمات غير مخصصة تطوعية توفرها حكومات. يجري تخصيص هذه الأموال حسب الأولوية التي يعتمدها مجلس إدارة الموئل.

• إسهامات لأغراض خاصة وهي مساهمات مخصصة تطوعية توفرها حكومات، ومؤسسات، والقطاع الخاص، وهيئات للأمم المتحدة وغيرها من الجهات المانحة الأخرى، من أجل تنفيذ أنشطة معينة تحددت في برنامج العمل المعتمد من مجلس إدارة. تتجه هذه الإسهامات إما إلى مؤسسة الموئل من أجل اعمال السياسة والتنظيم أو من أجل التعاون الفني لتنفيذ المشروعات في البلدان الفردية.