联合国人居署秘书处是人居署的执行机构，负责协调人居署的工作，设计、实施、管理和监督人居署的城市举措和人居开发项目，并向理事会提供战略性建议。 秘书处还受命进行研究活动，并协助就有关城市化问题，如全球趋势、有效的方法和新技术等方面的信息、知识和最佳做法进行沟通。 秘书处服务于理事会，并作为联合国系统内所有关于人类住区问题的接口机构，在执行主任的领导下，承担第32/162号决议和《人居议程》第228条规定的责任。 人居署秘书处的组织结构如下：
- 办公室，承担管理和支持任务；
- 专题组织科，或处，处理具体的城市专题；
- 区域办事处，在区域和国家层面实施联合国人居署工作方案。
人居署秘书处总部位于肯尼亚内罗毕。 办公室：
执行主任办公室
执行主任办公室（OED）主导人居署整体政策、战略和方案的确定和实施。
项目办公室
项目办公室负责人居署所有项目的总体协调。它的总目标是加强项目开发和管理过程，确保人居署项目的高效实施。项目办公室负责对区域办事处和专题组织单位（处）进行监督。
管理办公室
管理办公室主要负责提供管理支持和项目支持，负责协调和控制人居署的资金、资源和行政事务以及业务流程、质量保证、监督和报告等工作。
外联
外联办公室（ER）是联合国人居署的对外联络部门，包括面向公众、媒体、决策者和合作伙伴。分为两个处，合作伙伴和机构间协调处（PIACB）和宣传、外展和沟通处（AOC）。 人居署各处：
城市立法、土地和治理处
城市立法、土地和治理处（ULLGB）向政府和城市提供政策和运营支持，确定改革方案，制定法律和法规框架，以有效监管城市化问题，如土地使用、城市规划、税收、住房、基础设施或安全问题。
城市规划和设计处
城市规划和设计处（UPDB）支持政府和地方当局以包容、可持续、经得起未来考验的方式对城市发展进行规划。
城市经济处
城市经济处（UEB）重点推动城市战略和政策的制定，以增强城市能力，使之成为经济发展的驱动力及财富和就业的创造者。
城市基本服务处
城市基本服务司（UBSB）就供水、卫生、废物管理、动力和能源等方面的问题向伙伴国家和地方当局提供政策和技术支持，强调对这些城市基本服务的平等使用权，特别是贫困人口的平等使用权。
住房和贫民窟改造处
住房和贫民窟改造司（HSUB）负责为实现人人拥有适当住房的目标制定战略、政策和方案，改善现有贫民窟居住条件，遏制新的非正规住区的增长。
风险降低和恢复处
风险降低和恢复司（RRRB）的工作目标是提高城市面对自然和人为危机的恢复能力，并通过其灾害响应服务和早期恢复计划，协助政府和地方当局进行灾难管理。
城市研究和能力培养处
城市研究和能力培养司（URCDB）致力于提高有关城市问题的知识水平，培养地方、国家和全球层面应对城市化的能力。
